Проф. д-р Божидар Попов е роден на Коледа 25 декември в София. Завършва средното си образование в Белоградчик. Дипломира се като лекар във Висшия медицински институт - София и започва работа в ХЕИ - Видин, а след това като научен сътрудник към Института по хранене към БАН (впоследствие включен в структурата на Медицинска академия - София). По-късно е избран за доцент и ръководител катедра в Медицински институт - Пловдив, филиал Пазарджик, а от 2000 до 2008 г. е професор и ръководител на катедра Хигиена, медицинска екология и хранене към Медицински университет София.
Специализирал е в Санкт Петербург и Москва, където овладява съвременни методи за изследване на храносмилането и усвояемостта на храната в тънкото черво. В тази област защитава кандидатска и докторска дисертации, като открива и изследва за пръв път т. нар. интерцелуларно храносмилане.
Проф. д-р Божидар Попов е учен и преподавател с дългогодишен професионален опит като специалист по хранене и диететика. Има над 200 научни публикации и издадени няколко сборници и учебници под негова редакция. Участвал е като лектор в много научни форуми по хранене у нас, в Европа, Северна Америка, Азия и Африка.
Проф. Попов е член на Европейската академия по хранене (EANS), на Европейската федерация по хранителни науки (FENS) и на Световния съюз на специалистите по хранене (IUNS). Повече от 20 години е бил председател на Държавната комисия, която присъжда медицинската специалност Хранене и диететика, а от 1999 г. и понастоящем е председател на Българското дружество по хранене и диететика.
Като председател на Дружеството организира и успешно провежда 10 национални конференции по хранене, няколко симпозиума и 5 конгреса по хранене с международно участие.